حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با صدور پیامی درگذشت عالم پر تلاش، خدوم و بصیر حجت‌الاسلام سید محسن شفیعی را تسلیت گفتند.
متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب حجه الاسلام و المسلمین آقای حاج سید علی شفیعی دامت برکاته
با تأسف و تأثر خبر درگذشت فرزند عزیز و فاضل حضرتعالی جناب حجه الاسلام آقای سید محسن شفیعی را شنیدم. ایشان نقش ارزشمندی در همه عرصه‌های علمی و اجتماعی و دانشگاهی خوزستان ایفا می‌کردند و از امیدهای آینده بودند. فقدان این عالم پرتلاش و خدوم و بصیر خسارتی است که جبران آنرا از خداوند متعال مسألت میکنم.
به جنابعالی و مادر مکرم و همسر و فرزندان گرامی ایشان و دیگر بازماندگان تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی برای ایشان مسألت مینمایم.
والسلام علیکم بما صبرتم
سید علی خامنه‌ای